L’Aire Protégée d’Antrema fait partie du domaine de l’Ouest,  dans la zone Eco-floristique occidentale de basse altitude, de 0 à 800 m, de la série Dalbergia, Commiphora et Hildegardia.

Toutefois, l’Aire Protégée d’Antrema héberge plusieurs écosystèmes.

Les mangroves, à dominance de Sonneratia alba, Rhizophora mucronata, Avicennia marina, présente des plantes à propagules vivipares. Cette mangrove occupe la zone littorale.

Les forêts denses sèches caducifoliées occupent les dunes anciennes et  les sols ferrugineux

Les savanes arbustives à Bismarckia nobilis, Poupartia caffra (ou Sclerocarya birrea), Hyphaene coriacea parsemée par des espèces herbacées comme Hyparrhenia rufa, Aristida rufescens, occupent la majeure partie Nord de l’AP. La présence de cette formation favorise l’élevage intensif de zébus.

Les formations marécageuses longent le cours d’eau et /ou la zone humide, dominées par des raphières : Raphia farinifera (ARECACEAE), du peuplement de Ravenala madagascariensis (STRELITZIACEAE), certaines plantes hydrophytes (CYPERACEAE, TYPHACEAE et NYMPHACEAE).